Wir begeben uns heute noch einmal auf den Marien- oder Harlungerberg, aber weiter zurück in der Zeit. Heute geht es um die namengebende Kirche, von der bei uns im Bestand nur wenige Form- und Schlusssteine überdauert haben. Der als erstes Bild gezeigte Backstein ist als besonderes Objekt auch Teil unseres Museumskoffers, mit dem wir „Programme für alle“ außerhalb des Museums veranstalten können.
Die Marienkirche war eine der Mutter Jesu Christi geweihte Wallfahrtskirche und zudem ein Kernstück der Christianisierung beim Aufbau des Bistums Brandenburg. Sie wurde von 1222 bis 1241 an der Stelle einer älteren Kirche und der bedeutenden slawischen Kultstätte für den dreiköpfigen oder dreigesichtigen Gott Triglaw errichtet. Dem Wandel von der heidnischen zur christlichen Stätte veranlasste der in Brandenburg seit 1127 herrschende Hevellerfürst Pribislaw, der sich 1136 zum Christentum bekannte. Die slawische Triglawfigur wurde allerdings bis in das 16. Jahrhundert in der Marienkirche aufbewahrt und soll dann dem dänischen König Christian II. geschenkt worden sein.
Die aus Backstein errichtete Kirche gehörte zu den herausragenden architektonischen Bauwerken ihrer Zeit. Auf dem quadratischen, zweigeschossigen Zentralbau schlossen sich an den Ecken die ebenfalls zweigeschossigen Türme an. Es gab zwei große Nord-Südportale, die als Eingangshallen für den Pilgerverkehr dienten. Zu den Marienfesten kamen viele Menschen nach Brandenburg an der Havel, um in der Kirche vor dem Bildnis Maria zu beten. Aber bereits in der Mitte des 14. Jahrhunderts nahmen die Wallfahrten zur Kirche stark ab. 1435 gründete Kurfürst Friedrich Wilhelm I. ein mit Prämonstratensern besetztes Chorherrenstift. 1443 ließ Kurfürst Friedrich II. eine Kapelle direkt an die Westseite der Kirche anbauen, dem Schwanenritterorden gewidmet und dem Hl. Leonhardt geweiht. Der Plan, die Marienkirche als Grabkapelle der Brandenburger Kurfürsten zu etablieren, wurde nicht umgesetzt.
Im 16. Jahrhundert war der Komplex von einer Mauer umgeben und mehrere Gebäude gehörten zum Klosterareal östlich der Marienkirche. Nach der Reformation verfielen Kloster und Kirche zusehends, bis die Marienkirche 1722 auf Befehl des preußischen Königs Friedrich Wilhelms I. trotz massiven Protests von Magistrat und Domstift abgerissen wurde. Das gewonnene Baumaterial verwendete man u.a. auch zum Bau des Massowschen Palais (dem heutigen Stadtmuseum) verwendet. Die noch vorhandenen Fundamente der Kirche wurden 1970 beim Bau des Wasserspeichers beseitigt.